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東大・日立、エヌビディア導入でゲノムを高速解析

東京大学医科学研究所と日立製作所は、全ゲノム配列のデータ解析向けのスーパーコンピューター「SHIROKANE」に、米半導体大手のエヌビディアの先端ソフトウエアを全面導入すると発表した。1サンプル当たりの解析速度が40倍に高まる。サーバーも増強し、一度に処理できるサンプル数も増やす。膨大なゲノムデータを短時間で解析できるようになる。

全面採用を今回決めたのはエヌビディアのゲノム解析ソフト「クララ・パラブリックス」で、3月から画像処理半導体(GPU)サーバー88基すべてに搭載する。同ソフトを搭載したGPUサーバーは2020年2月比で約6倍に増える。

GPUは複数の演算処理を並列にこなすことで膨大な計算を高速で処理できるのが強みだ。エヌビディアのソフトは正常な細胞のゲノム解析だけでなく、がんなど変異した細胞のゲノム解析にも対応する。

新型コロナウイルスの感染拡大を受けて、東大医科研のヒトゲノム解析センターは外部の研究期間に対してもスパコンを無償で提供しているほか、同センターの研究者もコロナ関連の共同研究グループなどに参画している。スパコンの能力強化を通じて、感染症の研究を加速させる狙いもある。(広井洋一郎)

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